Drama City hunter diawalkan dengan kejadian tewasnya Park Moo-yul (Park Sang-min) ayah Lee Yoon-sung (Lee Min-ho) kepada pasukan elit negaranya sendiri kerana hanya untuk menutupi rahsia yang dimiliki oleh 5 anggota polis jahat. Lee Jin-pyo (Kim Sang-joong) ialah kawan Park Moo-yul yang selamat dari insiden itu. Ia bernekad untuk membalas dendam ke atas kematian kawannya itu. Selepas itu Jin-pyo telah menculik Yoon-sung yang masih kecil untuk menjayakan rancangannya. Jin-pyo kemudian membawa Yoon-sung yang masih kecil ke pedalaman Thailand untuk dilatih ilmu seni mempertahankan diri sehingga ia pandai dalam pertarungan menggunakan senjata ataupun tangan kosong. Namun tidak sampai di situ saja. Yoon-sung juga dihantar ke MIT Amerika Syarikat untuk mempelajari ilmu teknologi informasi dan mengoperasikan alat-alat canggih yang nanti akan digunakan untuk misi balas dendamnya.

Selama bertahun-tahun akhirnya Yoon-sung kembali ke Korea untuk melancarkan misi utamanya. Ia mencuba mendaftar sebagai anggota IT istana presiden dan dengan penampilannya yang sekarang, Yoon-sumg berjaya menjadi anggota kumpulan IT Blue House. Jin-pyo pernah memberitahu Yoon-sung untuk tidak jatuh cinta kepada wanita ketika misi sedang berjalan kerana akan merosakkan rancangan membalas dendamnya. Namun dengan keadaan rumit seperti ini membuat Yoon-sung menjadi gelisah dan bingung yang mana ia mesti pilih, meneruskan misinya atau mengejar cintanya!.